Общината се намира в най-североизточната част на Област Благоевград и с площта си от 339,276 km2 заема 10-то място от 14-те общини на областта, което съставлява 5,26% от площта на областта.
Релеф, води, климат
Релефът на общината е предимно средно- и високопланински, с големи разлики в надморските височини. По-голямата, северна и централна част на общината се заема от южните склонове на Източна Рила, като тук се издига най-високата ѝ точка – връх Манчо (2771 m). Тук в субалпийския и алпийския пояс, впечетляват високите върхове, циркусите и циркусните езера, най-голямо от които е езерото Грънчар. Южната, по-малка част на общината попада в най-северните разклонения на Велийшко-виденишкия дял на Западните Родопи с най-висока точка връх Велийца (1715 m), като тук преобладават заоблените била и дълбоко врязаните корита на реките. Между двете планини е разположена долината на река Места, по която има две малки долинни разширения в района на град Якоруда и село Юруково. Югозападно от последното в коритото на реката се намира най-ниската точка на общината – 813 m н.в.
Цялата територия на общината попада в най-горния водосборен басейн на река Места. Дължината ѝ на територията на общината е около 12 km. Основните ѝ притоци са реките: леви – Черна Места (лява съставяща), Конарска река и Гниле; десни – Бела Места (дясна съставяща), Грамадна река, Чесна, Джебра и Якорудищница.
Климатът на общината е преходно-континентален.
