На основание Решение на Столичен общински съвет № 55 по Протокол № 42 от 09.10.2002 г, с Решение на Софийски градски съд от 06.12.2002 г, акционерното дружество със 66% общинско участие "СКГТ - Автотранспорт" АД се преобразува в Еднолично акционерно дружество "Столичен автотранспорт" ЕАД, със 100 % акции собственост на Столична община. Дружеството е наследник на дългогодишната традиция на градския автобусен транспорт в гр. София, започнала през 1935 год. който от 1950 год. е на директно подчинение на Столична община.
Към ІV-то тримесечие на 2012 г. "Столичен автотранспорт" ЕАД обслужва 66 градски и крайградски маршрути - 9, 11, 12, 18, 20, 21-22, 23, 24, 25, 26, 28, 29, 31, 41, 44, 45, 47, 48, 49, 53, 56, 59, 60, 63, 64, 65, 67, 75, 76, 77, 78, 79, 81, 82, 83, 85, 86, 87, 88, 93, 94, 98, 100, 101, 102, 107, 108, 111, 113, 117, 118, 119, 120, 122, 213, 214, 280, 285, 294, 305, 309, 310, 314, 384, 413, 604. Общата дължина на обслужваните маршрути е над 860 km, а общият годишен пробег на Дружеството по план за 2012 год. е над 33 000 000 km, от които само маршрутен за МГТ 30 463 000 km. Контролът на движението на автобусите по маршрутите се следи в реално време с GPS – система с период на отчитане 30 sec.
"Столичен автотранспорт" ЕАД извършва 45 % от маршрутния пробег на целия масов градски транспорт в столицата (трамваен, тролейбусен, метро, други автобусни оператори).
В структурата на "Столичен автотранспорт" ЕАД има три поделения и централно управление. Трите поделения "Земляне", "Малашевци" и "Дружба" извършват пътнически превози по маршрутите на масовия градски транспорт на територията и околностите на Столична община. В дейностите на дружеството влизат и съхранението и поддържането в техническа изправност на возилата, както и оперативно управление на транспортния процес.
За изпълнение на възложените транспортни задачи по маршрутите на масовия автобусен градски транспорт "Столичен автотранспорт" ЕАД разполага (към IV-то тримесечие на 2012 год.) с 563 бр. aвтобуси, от които за МГТ 558. Ежедневно по маршрутите на градския транспорт се движат над 400 автобуса, от които над 210 съчленени.
Със съчленени автобуси Дружеството обслужва 23 бр. градски маршрута с обща дължина 440 km, главно натоварени с най-голям пътникопоток и пътникообмен, за които е икономически и технологично нецелесъобразно използването на соло автобуси. Това са главно диагонални маршрути през гъстонаселените части на града и такива, свързващи големите жилищни комплекси, обособените нови големи потребители на работна ръка, Централна гара, Централна автогара и локалните автогари на територията на столицата. По отчет за 2011 год. около 60 % от действителния пробег по изпълнение на транспортната задача на дружеството е извършен от съчленени автобуси.
Извън производствената си програма Дружеството осигурява превозването на пътниците по направленията на трамвайните трасета, затворени за ремонт. По този начин "Столичен автотранспорт" ЕАД се явява като гарант за изпълнение на пътническите превози в гр. София.
Поделение "Земляне" обслужва 26 маршрута на масовия градски транспорт с обща дължина над 310 km. Годишната производствена задача на поделението е над 13 000 000 km.
В момента поделението има преустроени 30 бр. конвертирани автобуси за работа по схемата дизел-природен газ с готовност за незабавното им пускане в редовна експлоатация след изграждане на АГКС на територията му. Строително монтажните работи на АГКС и разпределителния газопровод са приключени и предстои пускането им в редовна експлоатация.
Поделение "Малашевци" обслужва 27 маршрута на масовия градски транспорт с обща дължина над 400 km. Годишната производствена задача на поделението е над 12 000 000 km. До поделение "Малашевци" е изграден газопровод от ТЕЦ-София и е газифицирана локалната отоплителна централа за работа с природен газ, а сервизния комплекс се отоплява с топловъздушни агрегати, работещи с природен газ. Изграденият ГРЗП с отклонение за захранване на АГКС, като втори етап от газифицирането на поделението. В момента поделението има преустроени 30 бр. конвертирани автобуси за работа по схемата дизел-природен газ с готовност за незабавното им пускане в редовна експлоатация след изграждане на АГКС.
Поделение "Дружба" обслужва 12 маршрута и 1 обособен на масовия градски транспорт с обща дължина над 150 km. Годишната производствена задача на поделението е над 7 000 000 km. До поделение “Дружба” е изграден газопровод от ТЕЦ - Гара Искър, а на територията му работи компресорна станция за сгъстен природен газ с два компресорни модула за зареждане на автобуси. Поделението експлоатира 26 бр. автобуси с чисто газови двигатели и 18 бр. на двойно гориво (газо-дизел).
Всички поделения разполагат с охраняеми гаражни площадки с трайно покритие, сервизни комплекси за извършване на планови и периодични обслужвания и текущ ремонт, автомивки за автобуси, гумомонтажни отделения, нафтови и маслени стопанства, лицензирани пунктове за периодични технически прегледи, ВДП, КПП, лицензирани и сертифицирани по ISO 9001:2008 за периодични технически прегледи и др. Структурата на поделенията е така организирана, че всяко от тях може да работи самостоятелно по изпълнение на транспортните задачи и гарантиране нормално техническо състояние и стопанисване на автобусния парк.
"Столичен автотранспорт" ЕАД е член на UITP – Международна асоциация за обществен транспорт – Брюксел.